Так проблема то в чем? при каждом перемещении у вас включается шпиндель? без разницы по какой оси или только по какой то конкретно? В программе вы выключаете шпиндель? да и вообще с чего именно управляется станок - с пульта, или из программы, если второе то с какой именно. Да что же из вас все клещами вытягивать то нужно? Из вашего всего описания $$ полезного увидел только одно $32=0 (режим работы шпинделя включен) - остальное могли бы и не указывать, хотя пусть будет. Вот что касаемо того что в прошивке с пояснением касающееся именно шпинделя ( отрывок взят с форума по лазерам, но вроде как раз похоже на ваш случай):
Параметр $30 задаёт максимальную мощность (например $30=1000), $31 — минимальную. Для режима лазера включи $32=1. Тогда GRBL будет подавать PWM при перемещении, а в паузах выключать лазер. M3, M4, M5 включают/выключают лазер или шпиндель вручную.
Вот так похоже , что проблема именно с параметром $31 и он по какой то причине работает в режиме лазера. Хотя могу и ошибиться. Говорю ,что Benbox - одна из самых глюканутых плат, и в ней может быть все что угодно, вплоть до разорванных или перемкнутых дорожек на плате. Возможно перепрошивка поможет, но советовать не буду, ибо легко можно "закирпичить" плату управления. Попробуйте поиграться командами в командной строке консоли программы управления станком, как станок будет реагировать на M3, M4 и M5 будет ли отрабатывать отключение (M5) шпинделя. Смысл в том, что нужно понять, как работает М3 (в принципе, команда M4 при работе шпинделя почти не используется) задав эту команду, при первом пуске, возможно потребуется нажать кнопку перемещения, после чего произойдет запуск шпинделя, и он не должен останавливаться вплоть до команды M5, не зависимо от того, в какую сторону вы жмете кнопки перемещения (исключение только наезд на концевики, если установлены, хотя судя по настройке их у вас нет). Еще в консоли задайте команду M5 и подвигайте осями, при действии этой команды шпиндель не должен включаться вообще, в какою сторону вы не направили бы движение, если происходит запуск шпинделя, то либо прошивка дурит, либо на шпиндель идет команда включения, что при нормальной прошивке и целостности платы управления не возможно, тогда прямой путь к продавцу с требованием заменить плату управления. (так как любая самостоятельная перепрошивка платы лишает гарантии)